分枝杆菌散在重复单位对结核分枝杆菌分型的研究

摘要/Abstract

摘要： 目的评价分枝杆菌散在重复单位（MIRU）分型方法在结核病流行病学上的应用,探讨该方法的应用前景。方法采用MIRU分型对158株结核分枝杆菌进行基因分型，这些菌株均已进行IS6110-RFLP分型。结果MIRU分型结果产生只需1d。158株结核分枝杆菌共产生105个类型，其中65个为独特类型。在MIRU 的12个区中，重复区4、 10、26、40具有较高的多态性。用Hunter-Gaston Index（HGI）对2种方法进行评价，IS6110-RFLP的分辨指数为99.4%，MIRU技术的分辨指数为97.8％。当IS6110拷贝数小于等于10个时，IS6110-RFLP的分辨指数为98％，MIRU的分辨指数达到98.2％。结论MIRU 分型方法具有快速、简便、分辨力较高的特点，便于普及，可在结核病分子流行病学研究中发挥重要作用。

关键词: 分枝杆菌，结核, 分枝杆菌散在重复单位, IS6110, RFLP

Abstract: Objective To assess the application of mycobacterial interspersed repetitive unit(MIRU) in the epidemiology of tuberculosis, and to discuss its prospect. Method158 Mycobacterium tuberculosis isolates that had been typed by IS6110-RFLP were subjected to MIRU. ResultsThe Results were obtained by MIRU within 1 day. 105 patterns were produced, in which 65 patterns were unique. In MIRU loci, there were four loci(loci 4，10，26，40) with higher diversity. MIRU typing provided discrimination (Hunter-Gaston Index ［HGI］ of 0.978) compared with the IS6110 RFLP method (HGI=0.994). For those strains lower than 10 copies, MIRU typing provided discrimination (HGI=0.982) comparable to that of the RFLP method (HGI=0.98). ConclusionMIRU typing, which is simple, rapid, and easy to popularize, would exert important function in the epidemiological investigation of tuberculosis.

Key words: Mycobacterium tuberculosis, MIRU, IS6110, RFLP

郭艳玲,刘洋,王甦民,李传友,宋长兴. 分枝杆菌散在重复单位对结核分枝杆菌分型的研究[J]. 中国防痨杂志, 2009, 31(2): 80-84.

Guo Yanling¹, Liu Yang，Wang Sumin, Li Chuanyou, Song Changxing. The application of mycobacterial interspersed repetitive unit(MIRU) in M.tuberculosis genotying[J]. Chinese Journal of Antituberculosis, 2009, 31(2): 80-84.

参考文献

[1] 郭艳玲,王甦民,李传友,端木宏谨.以PCR为基础的结核分枝杆菌DNA分型技术及其应用[J]. 中国防痨杂志，2004，26（4）：250-254.
[2] 王甦民. 应重视结核病的实验诊断[J].中华检验医学杂志，2005,28(08): 769-770.
[3] Van Embden JD, Cave MD, Crawford JT, Dale JW, Eisenach KD, Gicquel B, Hermans P, Martin C, McAdam R, Shinnick TM. Strain identification of Mycobacterium tuberculosis by DNA fingerprinting: recommendations for a standardized methodology[J]. J Clin Microbiol，1993,31(2): 406-409.
[4] 郭艳玲,王甦民,李传友,刘洋.IS6110限制性片段长度多态性和间隔区寡核苷酸分型在结核分枝杆菌菌株鉴定中的应用[J]. 中华检验医学杂志，2005，28(08): 796-798.
[5] Arnold C. Molecular evolution of Mycobacterium tuberculosis[J]. Clin Microbiol Infect，2007,13(2):120-128.
[6] Supply P, Mazars E, Lesjean S, Vincent V, Gicquel B, Locht C. Variable human minisatellite-like regions in the Mycobacterium tuberculosis genome[J]. Mol Microbio, 2000,36(3): 762-771.
[7] Supply P，Lesjean S，Savine E, Kremer K, van Soolingen D, Locht C. Automated high-throughput genotyping for study of global epidemiology of Mycobacterium tuberculosis based on Mycobacterial interspersed repetitive units[J]. J Clin Microbiol, 2001,39(10): 3563-3571.
[8] Martín A, Herránz M, Serrano MJ, Bouza E, García de Viedma D. Rapid clonal analysis of recurrent tuberculosis by direct MIRU-VNTR typing on stored isolates[J]. BMC Microbiol, 2007,7:73.
[9] Oelemann MC, Diel R, Vatin V, Haas W, Rüsch-Gerdes S, Locht C, Nemann S, Supply P. Assessment of an optimized mycobacterial interspersed repetitive-unit-variable-number tandem-repeat typing system combined with spoligotyping for population-based molecular epidemiology studies of tuberculosis[J]. J Clin Microbiol, 2007, 45(3):691-697.
[10] Gopaul KK, Brown TJ, Gibson AL, Yates MD, Drobniewski FA. Progression toward an improved DNA amplification-based typing technique in the study of mycobacterium tuberculosis epidemiology[J]. J Clin Microbiol, 2006,44(7): 2492-2498.
[11] 沈国妙,查佳,徐琳，孙斌，桂晓红，王奕峰，梅建，高谦.结核分枝杆菌散在分布重复单位基因型分型法的应用研究. 中华结核和呼吸杂志，2005， 28（5）：292-296.

[1]	宋怡蒙, 李远春, 贺文从, 何萍, 包晶晶, 刘春法, 刘东鑫, 王鑫洋, 赵雁林, 李燕明. 荧光PCR探针熔解曲线技术检测MTB耐药性的成本分析[J]. 中国防痨杂志, 2020, 42(7): 712-717.
[2]	张洁, 任怡宣, 潘丽萍, 张宗德. 全基因组测序在结核分枝杆菌研究中的应用[J]. 中国防痨杂志, 2020, 42(7): 737-740.
[3]	张兴,王凤鸣,吕旭峰,华天齐,张学军,蒋靖怡,丁陈丽,朱伟,夏国栋,吉俊敏,赵飞. HIV感染/AIDS者结核感染的影响因素分析[J]. 中国防痨杂志, 2020, 42(4): 360-365.
[4]	赵皎洁,付雷,王彬,张蕾,胡明豪,陆宇. 抗结核药物体外药代动力学/药效学研究模型的建立及应用[J]. 中国防痨杂志, 2020, 42(4): 372-379.
[5]	杨翰,杨静芬,伍浩,崔晓利,党丽云. 微孔板法在一线抗结核药物敏感性试验中的应用价值[J]. 中国防痨杂志, 2020, 42(4): 380-384.
[6]	孙锦霞,张晴雯,李银虹,姜昕. 杨梅素通过磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B/哺乳动物雷帕霉素靶蛋白信号通路诱导MTB感染巨噬细胞发生自噬的研究[J]. 中国防痨杂志, 2020, 42(2): 101-107.
[7]	刘彬彬,龚道方,陈振华,郭婧玮,余艳艳,刘丰平,欧阳辉,谭云洪. 三种实验室诊断技术对结核分枝杆菌复合群检出率及检测费用的比较研究[J]. 中国防痨杂志, 2020, 42(2): 143-148.
[8]	宋艳华,高孟秋,李琦. 结核分枝杆菌对乙硫异烟胺/丙硫异烟胺耐药的机制及其增敏剂研究进展[J]. 中国防痨杂志, 2020, 42(2): 173-177.
[9]	蒋明霞, 晁秀珍, 王兆芬, 马斌忠, 马永成, 王蓉, 王朝才, 李尔琛, 魏於家, 李咏雪, 张琪. 青海省南部地区154株结核分枝杆菌临床分离株耐药性检测结果分析[J]. 中国防痨杂志, 2020, 42(12): 1289-1293.
[10]	杨翰, 李爱芳, 王佩, 党丽云. DNA实时荧光恒温扩增法在结核病临床检测中的应用价值[J]. 中国防痨杂志, 2020, 42(12): 1294-1298.
[11]	杨映晖, 伍定辉, 苏伟明, 董春萍, 姚向阳. 基因芯片法在结核分枝杆菌耐药基因快速诊断中的应用价值[J]. 中国防痨杂志, 2020, 42(11): 1191-1195.
[12]	李冰莹, 郑旭彬, 胡屹, 徐飚. 全基因组数据分析工具TB Profiler v2.8.0、Mykrobe v0.7.0和PhyResSE v1.0在耐药结核病检测中的价值[J]. 中国防痨杂志, 2020, 42(11): 1196-1202.
[13]	买买提艾力·艾合木提, 黄巧玲, 古尔色曼·阿布拉, 热纳提·艾来提. 新疆喀什地区1307例肺结核患者行利福平和异烟肼耐药性检测的结果分析[J]. 中国防痨杂志, 2020, 42(11): 1209-1213.
[14]	宋克玉, 张琴, 王雯菁, 时瑞, 吴旭平. 2017—2019年南京市1719株分枝杆菌耐药情况分析[J]. 中国防痨杂志, 2020, 42(11): 1214-1220.
[15]	杜莹, 张彬, 王大宽, 张浩然, 辛赫男, 金奇, 高磊. 非活动性肺结核人群的流行病学特征和预防干预[J]. 中国防痨杂志, 2020, 42(11): 1232-1236.